В июне климат в Эгвекиноте можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в июне 8 градусов тепла. В среднем в июне в Эгвекиноте 13 пасмурных, 10 дождливых, 5 ясных и 2 дня с переменной облачностью. Дожди преимущественно слабые. В июне, а также в январе, феврале, марте и апреле Эгвекинот cчитается местом, некомфортным для посещения.